优良猪种的持续选育改良是养猪生产可持续发展的源泉，基于重要经济性状主效基因的分子育种技术成为现代种猪改良的核心手段之一。RYR1（Science, 1991, 253:448-51）、PRKAG3（Science, 2000, 288:1248-51）、IGF2（Nature, 2003, 425:832-836）等成熟的基因育种技术已成功应用于国内外种猪选育，在提高种猪生产效能、品质，高效剔除遗传疾患个体方面成效显著。
江西农业大学动物生物技术国家重点实验室培育基地科研团队长期围绕种猪遗传改良总体目标，研发了包括抗K88仔猪腹泻基因育种技术、多肋骨数基因育种技术、酸肉改良基因育种技术、健康脂肪酸基因育种技术等在内的“省•好•快•多”育种新技术多项，并在国内多家大型种猪企业推广应用，取得了良好的经济和社会效益。
近年来，基因组学的发展日新月异。2012年11月，猪高分辨率基因组草图完成（Nature, 2012, 491:393-8），为因果基因的高效挖掘奠定了重要基础。猪全基因组高密度SNP芯片的问世和基因组重测序分析成本的不断下降，使得在基因组水平高通量鉴别目的基因成为可能，同时为基因组选择技术（Genomic Selection）在猪育种中实现提供了技术保障。
此外，应用大规模基因表达谱定位eQTL和构建基因网络，揭示基因网络中效应较大的节点基因，同时，结合eQTL与全基因组关联分析的合并分析，会极大地方便因果基因的搜寻。提高猪的转基因技术效率，为品种快速引入优势基因或位点以创造高产优质的新品系是分子育种的另一种有效手段。
基因组选择和大量因果突变位点在育种实践中的应用将成为未来主流趋势，但难点在于基因组选择需要构建大群体的参考家系，特定种群的遗传效应难以代表所有商业品种（系）的遗传背景；对于基因与环境互作效应大、遗传力低的经济性状的选育，不管通过基因组选择还是搜寻主效基因的策略都有一定的难度。未来的种猪遗传育种应结合数量遗传评估技术，形成常规技术、分子技术、信息技术相结合的综合新育种技术体系；建立适合种猪改良的育种方案，实现种猪改良理论和关键技术的新突破。
