目前常用有湿苗、冻干苗、灭活油乳剂苗等。由于是用完全病毒制备而成，故不可避免有一些与特异性免疫无关的成分存在，可能引起局部或全身不良反应，因此人们急需获得一种只含有特异性抗原的新型疫苗即分子水平疫苗，我们称之为第三代疫苗。第三代疫苗包括亚单位疫苗、合成肽疫苗以及基因工程疫苗、抗独特型抗体苗等。

    其中亚单位疫苗是指应用某些化学试剂裂解病毒或用基因工程技术表达保护性抗原制成的疫苗，如口蹄疫亚单位苗、流感病毒亚单位苗等。合成肽苗系用人工方法合成，以基因工程技术表达具有保护作用的类似天然抗原决定簇的小肽而制成的一类疫苗，如口蹄疫病毒合成肽疫苗，它不含核酸，绝对安全，生产与运输也都很方便。

    基因工程苗是用基因工程方法或分子克隆技术分离出病毒的保护性抗原的基因，将其转入原核或真核系统中表达而制成的一类疫苗。或将与毒力相关的基因删除掉、使其不带毒力相关基因的基因缺失苗。

主要有以下4种：

①通过生物重组技木将野生毒株的表面抗原基因与弱毒株的其他基因组合构建减毒活疫苗株；

②将病毒的保护性抗原基因插入表达质粒，随后转化大肠杆菌或真核细胞等，再收集由其表达和生产的病毒蛋白作为免疫原；

③将保护性抗原基因插入痘病毒、腺病毒和疱疹病毒等DNA的非必需区，构建重组活载体疫苗；

④在DNA或cDNA水平上造成有关基因的缺失；抗独特型抗体苗是能模拟抗原结构和功能的特殊的抗体。

它是用抗Id型抗体（Ab2）代替抗原作为免疫原，故该类疫苗特别适用于目前还不能培养或培养很困难，而产量又很低的病毒；直接用病毒制苗有危险的病毒；以及免疫原性低且不能用重组DNA技术生产的多糖类抗原。

    第四代疫苗即基因疫苗，亦称核酸疫苗、裸DNA疫苗，该疫苗是将某一病原的保护性抗原基因的真核表达质粒直接接种动物，通过其在体内表达的抗原蛋白，诱导动物机体产生针对该抗原免疫应答。基因疫苗的接种能全方位地调动机体的免疫系统，诱导出针对保护性抗原的特异性体液和细胞免疫应答，既具有弱毒疫苗的高效性又具有灭活苗的安全性，同时又能避免这两种疫苗的缺点。

    因而成为当前疫苗研究的方向，被喻为跨入二十一世纪的新型疫苗。