主要有两个原因：
首先：
空气消毒是作为不同批次间或全群转出之后的消毒程序当中的最后一步实施的。通常在主要消毒过程完毕、各种可移动设备以及垫料转进猪舍之后进行。其目的有三：
控制可移动设备和垫料所引进的病原污染。
用来对常规消毒无法涉及的部位进行消毒，这些部位可能处于特殊的位置，或离电力设备太近，无法进行常规消毒。
有助于减少前面过程产生的尘埃。
需要强调的是，空气消毒是整个消毒程序中的一部分，不能取代常规消毒。
其次：
当猪舍里面还畜有猪只的时候，就只能进行空气消毒。带猪消毒目的有三：
抑制空气当中病原的传播。
降低尘埃的水平。
抑制空气中的内毒素（特定的细菌产生的毒素，可黏附在尘埃颗粒上，－这种毒素对猪群的健康和生产能力有明显的影响）对猪只造成的影响。
空气消毒作为用途，可每天进行，甚至更频繁，能够取得很好的效果。
从Poul Baekbo 1998年在国际猪病兽医学会上发表的文章（1998年国际猪病兽医学会会议报告）可以看出，猪舍带猪空气消毒可起到明显的效果。他的研究结果显示，尘埃颗粒上的内毒素与猪群的呼吸道疾病有关。在存在尘埃的环境中，猪只接触到更小剂量的病原即可导致临床肺炎。这种情况下进行空气消毒，既可杀灭病原，又可减少尘埃，可有效控制猪群的临床肺炎发病率，－尤其是存在肺炎问题的猪场。
(审核编辑: 猪猪侠)
