消毒应按一定程序进行，不可杂乱无章，随心所欲。一般可按下列顺序进行：
舍内从上到下，即从屋顶、墙壁、门窗至地面(下同)喷洒大量消毒液→搬出和拆卸用具和设备→从上到下清扫→清除粪尿等污物→高压水充分冲洗→干燥→从上到下并在空中用消毒药液喷雾，雾粒要细，部分雾粒可在空中停留l5分钟左右→干燥→换另一种类型消毒药物喷雾→密闭门窗后用甲醛熏蒸，必要时用20％石灰浆涂墙．涂墙高度约为2m→将已消毒好的设备及用具搬进舍内安装调试→密闭门窗后用甲醛熏蒸．必要时3天后再用过氧乙酸熏蒸1次→封闭空舍7～15天，才可认为消毒程序完成。在紧急情况下，可将猪舍熏蒸消毒24小时后，打开门窗通风24小时，即可使用。有的养猪场(户)对全进全出的要求不甚了解．往往在清舍消毒时．将转群或出栏时剩余的数头(只)生长落后或有病无法转出的畜禽留在原舍内．而实际上，在原舍内存留l头(只)畜禽，都不能认为做到了全进全出。
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