营养性不育
本交配种站和一些散户、小型猪场饲养的公猪长期营养不良，尤其蛋白质饲料（如：豆类、鱼粉、蚕蛹、血粉等）缺乏，氨基酸、维生素与矿物质（钙、磷、锰、碘、硒等）不足。
疾病性不育
如感染病毒性传染病（乙型脑炎）、细菌性传染病（丹毒、布病）、体内外寄生虫病、弓形体病、日射病、热射病等都可能造成公猪无性欲或缺乏性欲。此外，睾丸炎、附睾炎、精囊腺炎、包皮炎、肢蹄病、关节炎、肌肉疼痛、背腰结合不育等均可引起交配困难或交配失败。
精液品质差
精液品质差包括无精、精子密度低、精子活力差或有畸形精子等。除营养因素外，精液品质差大多为热性疾病的后遗症，尤其是猪丹毒、弓形体病等病原体引起的肺炎、日射病、睾丸炎症等皆可导致生精能力下降，精子活力降低。
机能性不育
主要原因有先天性生殖器官发育不全或畸形（如：隐睾、睾丸或附睾不发育、急性或慢性疾病等引起生殖器官发育不良）。
性行为不当造成的不育，如交配或采精时阴茎受到严重损伤或受惊恐刺激。四肢有疾患，后躯或脊椎关节炎等也会造成不育。
公猪在配种时，性欲不旺盛，阴茎不能勃起，也是公猪不育的一种原因。如过度使用或长期无配种任务，公母混养，缺乏运动，体况过肥、过瘦，年老体衰，体成熟而性未成熟或性成熟而体重未达标，天气过冷、过热等，均可导致不射精或阴茎不能勃起。
